در نیمه اول دهه 80 و در شرایطی که کشور با تهدیدات جدی در حوزه حمل و نقل ازجمله افزایش بی رویه مصرف سوخت، ترافیک، ناوگان فرسوده، تعداد بالای تصادفات فوتی و جرحی، صدمات زیست محیطی و.. مواجه بود، تصمیم مسئولین وقت بر آن شد تا با بهره مندی از نظرات صاحب نظران و کارشناسان دستگاههای مرتبط، به بررسی و آسیب شناسی چالشهای این حوزه پرداخته و راهکارهای عملیاتی جهت برون رفت از بحران را احصا و تحولی را در این حوزه به وجود آورند که جمع بندی مطالعات در نهایت به تدوین بسته عملیاتی با نگرش جامع و کلان به حوزه حمل و نقل و سوخت انجامید.
پیشنهادات مطروحه پس از طی مراحل مختلف کارشناسی و موافقت هیات وزیران در لایحه بودجه سال 1385 در قالب تبصره 13 ارائه و به تصویب نمایندگان مجلس رسید و این تبصره با کمی اصلاحات در قانون بودجه سال 1386 نیز تکرار و استمرار یافت.
از مهم ترین راهکارهای مصوب در این تبصره عبارت بودند از: از رده خارج کردن خودروهای فرسوده، توسعه ناوگان حمل و نقل همگانی، بهینه سازی مصرف انرژی از طریق عرضه بنزین و نفت گاز با کارت هوشمند سوخت، بهینه سازی تولید خودرو، تبدیل و تولید خودروهای گازسوز، احداث جایگاههای عرضه گاز، بهینه سازی تقاضای حمل و نقل و اجرای طرح های دولت الکترونیک، ایمن سازی و بهبود تردد، الزام معاینه فنی، اعمال محدودیت های ترافیکی، آموزش و فرهنگسازی، حمایت از ابداعات و اختراعات موثر در کاهش مصرف سوخت، افزایش سهم حمل و نقل ریلی در جابجایی کالا و مسافر و خارج شدن تدریجی بنزین وگازوئیل از سبد حمایتی دولت.
در تیرماه 1386 رئیس جمهور وقت با هدف اجرای دقیق و سریع مفاد تبصره 13 بودجه 1386 و با استناد به اصل 127 قانون اساسی و در اجرای مصوبه هیئت محترم وزیران، ضمن تشکیل ستادی ویژه این موضوع(ستاد تبصره 13) و انتصاب نمایندگان ویژه رییس جمهور در این ستاد، کلیه دستگاه های اجرایی را ملزم به همکاری های لازم با این ستاد نمود.
مطابق این مصوبه، تصميماتي كه توسط نمایندگان و وزرای عضو ستاد در خصوص نحوه اجراي مفاد تبصره 13 اتخاذ مي‌شد،‌ در حكم تصميمات هيئت‌وزيران و لازم الاجرا بود.
همزمان با فعالیت ستاد تبصره 13 لایحه توسعه حمل و نقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت توسط مدیران و کارشناسان ستاد تبصره 13 تدوین و به دولت پیشنهاد گردید که پس از تایید و تصویب هیات محترم وزیران به مجلس شورای اسلامی تقدیم و در آذرماه 1386 تصویب و جهت اجرا ابلاغ گردید.
با ابلاغ قانون توسعه حمل و نقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت و با توجه به پايان يافتن سال 1386 و نزديك شدن به پايان دوره قانوني فعاليت تبصره 13 قانون بودجه كل كشور، هیات وزیران در راستاي مديريت مصرف سوخت و ساماندهي حمل و نقل عمومي، طی مصوبه ای ستاد مديريت حمل و نقل و سوخت را با همان وظایف و اختیارات، جايگزين ستاد تبصره 13 كرد و به استناد اصل يكصد و سي و هشتم قانون اساسي اختيارات خود درخصوص تصويب آيين‌نامه‌هاي مربوط به قانون توسعه حمل و نقل عمومي و مديريت سوخت را به وزيران عضو ستاد مديريت حمل و نقل و سوخت تفويض نمود؛ بر اساس اين مصوبه، ملاك تصميم‌گيري درخصوص اختيارات يادشده موافقت اكثريت وزيران عضو كارگروه مذكور بوده و تمامی بخش‌های ستاد تبصره ۱۳ مانند ساماندهي و توسعه حمل و نقل عمومي اعم از درون شهری و برون شهری، نوسازی ناوگان فرسوده، مديريت مصرف سوخت، گاز سوز كردن خودروها، كاهش تقاضاي مصرف و… به عنوان اختیارات نمایندگان ویژه رییس‌جمهوری تداوم یافت.
در مهرماه 1394 با تصویب هیات محترم وزیران مقرر گردید ستاد مدیریت حمل و نقل و سوخت با کلیه تعهدات و اختیارات گذشته در وزارت راه و شهرسازی مستقر گردد؛ با اجرای این مصوبه فعالیتهای ستاد همانند گذشته با محوریت پیگیری و نظارت بر اجرای مفاد قانون توسعه حمل و نقل عمومی و مدیریت مصرف سوخت تداوم یافت.
همچنین پیگیری اجرای بخش های مرتبط سیاستهای کلی اصلاح الگوی مصرف، سیاستهای کلی اقتصاد مقاومتی، قانون هدفمند کردن یارانه ها، قانون هوای پاک، قانون مبارزه با قاچاق کالا و ارز، قانون بیمه شخص ثالث(ماده 48)، تصویب نامه طرح تخصیص سوخت به خودروهای نفت گازسوز بر مبنای پیمایش و سایر قوانین و مصوبات مربوط به حوزه حمل و نقل و سوخت از دیگر فعالیتهای ستاد می باشد.